Polska Akademia Umiejętności składa się z 6 Wydziałów: Filologicznego, Historyczno-Filozoficznego, Nauk Ścisłych i Technicznych, Przyrodniczego, Lekarskiego, oraz Twórczości Artystycznej. Wydziały PAU są ważnym forum opiniotwórczym w zakresie nauki, jednak główny ciężar działalności korporacji spoczywa na Komisjach. Grupują badaczy z różnych dziedzin nauki, w przeważającej mierze niebędących człon
kami PAU. Większość Komisji, w liczbie, 23 ma charakter wydziałowy, co oznacza, że ich kierunek działania mieści się w naukowym profilu Wydziałów i że podlegają ich zwierzchności. Wydział I ma 5 Komisji (Filologii Klasycznej, Historii Sztuki, Neofilologiczna, Kultury Słowian i Etyki Komunikacji), Wydział II liczy ich 11 (Środkowoeuropejska, Wschodnioeuropejska, Prehistorii Karpat, Historii i Kultury Żydów, Prawnicza, Historii Wojen i Wojskowości, Etnograficzna, Nauk Ekonomicznych, Medioznawcza, Biograficzna oraz Archeologii Krajów Śródziemnomorskich), Wydział III – 3 (Astrofizyki, Układów Złożonych i Nauk Technicznych), Wydział IV – 5 (Geoinformatyki, Nauk Rolniczych, Leśnych i Weterynaryjnych, Paleogeografii Czwartorzędu, Biologii Rozwoju oraz Geograficzna); Wydziały V i VI nie utworzyły komisji. Pozostałe Komisje, w liczbie, 16, mają charakter międzywydziałowy, co oznacza, że interdyscyplinarna tematyka ich zainteresowań wykracza poza profil naukowy poszczególnych Wydziałów. Są to Komisje: Historii Nauki, Zagrożeń Cywilizacyjnych, do Oceny Podręczników Szkolnych, Spraw Europejskich, Filozofii Nauk, do Badań Diaspory Polskiej, Antropologiczna, Ergonomii, Zarządzania Kulturą i Mediami, Historii Śląska w Katowicach, Nauk Przyrodniczych w Katowicach, Nauk Matematycznych w Katowicach, Prawnicza w Katowicach, Kaszubska w Gdańsku oraz Polska Grupa CIHEC (Commission Internationale d’Histoire Ecclésiastique Comparée). Stopień aktywności Wydziałów i Komisji PAU jest różny. Niektóre odbywają do 10 posiedzeń naukowych rocznie, organizują sesje i konferencje naukowe o zasięgu międzynarodowym i krajowym oraz mają pokaźny dorobek publikacyjny. Warto zwrócić uwagę, że Komisja Filologii Klasycznej, oprócz regularnych zebrań naukowych, wydaje z wielkim nakładem pracy czasopismo o wyrobionej renomie „Nowy Filomata”. Komisja Prawnicza, wydaje dwa czasopisma o zasięgu przynajmniej ogólnopolskim: „Kwartalnik Prawa Prywatnego” oraz „Czasopismo Prawa Karnego i Nauk Penalnych”. Spośród Komisji międzywydziałowych na szczególną uwagę zasługują bardzo aktywna Komisja Historii Nauki oraz Komisja do Oceny Podręczników Szkolnych, która każdego roku poddaje swojej niezależnej ocenie kilkadziesiąt pozycji podręcznikowych dla szkół średnich. Najlepsze podręczniki są wyróżniane specjalnymi dyplomami PAU. Poza Wydziałami i Komisjami w strukturze Polskiej Akademii Umiejętności znajdują się dwie Stacje Naukowe. Stacja Naukowa w Katowicach i Stacja Naukowa w Gdańsku. Oprócz posiedzeń Wydziałów i Komisji, w części naukowej otwartych dla całego środowiska naukowego, PAU urządza regularnie co miesiąc (z przerwą wakacyjną) posiedzenia publiczne, przyciągające do 100 osób. Należy do nich przede wszystkim „Kawiarnia Naukowa”, poświęcona popularyzacji nauki na najwyższym poziomie, bo przez samych jej twórców. Przedmiotem poszczególnych wykładów i prezentacji są nowe odkrycia naukowe i ich wdrożenia w praktyce. Drugi cykl stanowią „Rozmowy o człowieku” dedykowane pamięci Profesora Jerzego Vetulaniego, organizowane przez prof. Dominikę Dudek z Collegium Medicum UJ. Wreszcie trzecim cyklem jest „Herbaciarnia Naukowa”, projekt Fundacji „Zawsze Warto” realizowany od 2008 roku, skierowany do uczniów starszych klas szkół podstawowych, do uczniów szkół średnich, do nauczycieli i niezwiązanych z edukacją ludzi, którym za ciasno w czterech ścianach pokoju. Partnerem Herbaciarni Naukowej jest PAU. Od 2008 r. PAU wydaje „PAUzę Akademicką”, tygodnik internetowy poświęcony problemom nauki. Redaguje go były prezes Andrzej Białas. Odbiorcami są czytelnicy w liczbie 2000–2500. PAU ma poważne zaplecze badawcze w postaci gromadzonej od połowy XIX wieku biblioteki, bogatej w zasoby rękopisów, inkunabułów, starych i nowych druków, zbiorów kartograficznych, wielkich serii czasopism, exlibrisów i spuścizn naukowych, oficjalnie noszącej dziś nazwę Biblioteka Naukowa PAU i PAN w Krakowie. Częścią Biblioteki jest Gabinet Rycin, o jednej z dwu najbogatszych w Polsce kolekcji grafiki europejskiej. Wybrane obiekty tego zasobu były kilkakrotnie eksponowane na wystawach Międzynarodowego Centrum Kultury i w Zamku Królewskim w Warszawie. Niedające się przecenić zaplecze naukowe PAU stanowi Archiwum Nauki PAN i PAU w Krakowie. Działa ono w strukturze krakowskiego Oddziału PAN, ale jest ściśle związane z PAU, zarówno proweniencją najcenniejszych swoich zasobów (spuścizn naukowych), jak też funkcją środowiskową. W ramach PAU Archiwum organizuje coroczne konferencje naukowe poświęcone uczonym oraz ekspozycje ich spuścizn, wydaje materiały, zwłaszcza w serii „W służbie nauki”. Utrwalił się już ścisły związek Archiwum z działalnością bardzo aktywnej Komisji Historii Nauki PAU. W ramach PAU Archiwum prowadzi swoją współpracę zagraniczną. PAU jest współwłaścicielem Biblioteki Polskiej w Paryżu, utworzonej przez Wielką Emigrację w 1838 r., stanowiącej od 1893 r. własność PAU. Obecnie prawa własnościowe dzielone są z Towarzystwem Historyczno-Literackim w Paryżu, które też Biblioteką zarządza. PAU współfinansuje tę skarbnicę polskiej kultury i wspiera jej merytoryczną działalność poprzez projekty naukowe. Wydzieloną agendą PAU jest Fototeka Lanckorońskich, jedna z największych kolekcji monotematycznych fotografii dokumentacyjnej w Polsce, powstała w wyniku podróży naukowych Karola Lanckorońskiego (ponad 43 000 fotogramów). Również wydzieloną agendą PAU jest nieduża, ale bardzo cenna Biblioteka Rozdolska Lanckorońskich (około 3500 vol.), zawierająca diariusze sejmowe, wielki zbiór kalendarzy szlacheckich, źródła staropolskie itp. Od szeregu już lat PAU stara się nagradzać wybitne osiągnięcia naukowe, zabiegając uprzednio u sponsorów o odpowiednie środki finansowe. W ten sposób od 1997 r. PAU przyznaje raz na dwa lata Nagrodę im. Mariana Mięsowicza w dziedzinie fizyki, od 1998 r. corocznie Nagrodę im. Tadeusza Browicza za osiągnięcia w dziedzinie medycyny, od 2018 co dwa lata – naprzemiennie z Nagrodą im. M. Mięsowicza – Nagrodę im. Profesora Adama Bielańskiego za osiągnięcia w dziedzinie chemii. W 1993 r. udało się wznowić fundowaną przez Miasto Kraków od 1873 r. i przyznawaną co pięć lat w siedmiu dyscyplinach naukowych przez PAU (dawniej AU) Nagrodę im. Mikołaja Kopernika. Od 2020 r. Nagroda będzie przyznawana w dziewięciu dyscyplinach naukowych. Wreszcie udało się przywrócić w 2009 r. (po 70 latach przerwy) Nagrodę im. Erazma i Anny Jerzmanowskich, zwaną niegdyś „polskim Noblem”. Trzeba dodać, że prezes PAU przewodniczy Komisji Nagród Miasta Krakowa, a spośród sześciu członków jury prestiżowej Nagrody im. Jana Długosza Krakowskich Targów Książki pięciu jest członkami PAU. Polska Akademia Umiejętności dysponuje stypendiami Fundacji Lanckorońskich i Fundacji z Brzezia Lanckorońskich na prowadzenie badań w Rzymie, Wiedniu, Londynie i innych ośrodkach naukowych Europy. Stypendia są przyznawane w trybie konkursowym. Mając na uwadze młodych badaczy, PAU wspiera z środków własnych Zimową Szkołę Fizyki Teoretycznej Uniwersytetu Wrocławskiego, międzynarodowe warsztaty dla młodych matematyków i Krakowską Szkołę Fizyki Teoretycznej. Od czasu do czasu PAU wydaje również najbardziej wartościowe prace doktorskie lub habilitacyjne. Wreszcie PAU wspiera, przez użyczenie dużej powierzchni lokalowej, prace nad Polskim Słownikiem Biograficznym, zainicjowanym w dwudziestoleciu międzywojennym przez PAU, kontynuowanym przez PAN, stanowiącym obecnie wydawnictwo wspólne obu Akademii, a ukazującym się pod honorowym patronatem Sejmu RP.
